Ha a hipofízis működésében zavar áll be, az negatívan befolyásolhatja a mellékvese és a pajzsmirigy működését is, amelynek főbb tünetei a rossz anyagcsere, a lecsökkent oxigénfelvételi képesség és a fáradtság.
Törpenövés
A törpenövés a hipofízis megbetegedésének folyománya, két típusát különböztetjük meg, az egészséges törpenövést, amikor a személynek más egészségügyi problémája nincsen, illetve a beteg törpenövést, amikor a kis testmagasság mellett vese és szívproblémák is jelentkeznek. A horoszkópban a Jupiter, a Neptunusz, a Plútó vagy a Szaturnusz és a Hold közötti negatív fényszögek jelzik. A Hold befolyásolja a növekedést, és ha a Szaturnusz vagy a Plútó visszafogja, a növekedés is leállhat. A Szaturnusz a karmikus terheket is jelképezi. Ha problémát jelent a szülői elfogadás, a 4. házat kell elemezni, illetve a Jupiter helyzetét.
Simmonds-szindróma
A Simmonds-szindróma egy tünetegyüttes, melynek egyik tünete a törpenövés. Kialakulásának okozója az agyalapi mirigy csökkent működése. A horoszkópban a Szaturnusz, a Plútó és a Neptunusz a főszereplők, ők jelképezik a lelket megnyomorító karmikus terheket. A szaturnuszi emberek számára fontos hogy feljussanak a csúcsra, szellemileg, de fizikailag is.
Gigantizmus
A törpenövéssel ellentétben a gigantizmust a hipofízis túlműködése okozza. Ugyanazok a bolygók a főszereplők, mint a törpenövés esetében, a Hold, a Szaturnusz és a Jupiter, de ebben az esetben a Hold és a Jupiter dominálnak, kivéve akromegália, azaz kóros csontnövekedés esetében, amiért a Szaturnusz a felelős. A gigantizmus sok esetben szellemi visszamaradottsággal párosul, és a törpenövésben szenvedők várható 70 éves élettartama helyett a súlyos gigantizmusban szenvedő betegek várható élettartama igen rövid, 30 év körüli.
Sella tumor
A sella tumor a hipofízis daganatos megbetegedése, amely többnyire jóindulatú, de néha elrákosodhat. Elnevezése a hipofízis latin elnevezéséből, a Sella turcica szóból ered, amely török nyerget jelent. A betegség tünetei között találhatóak az akromegália, a Cushing-kór, szexuális problémák és fejfájás. A horoszkópban a hipofízishez a Jupiter, a Neptun és a Plútó kapcsolódnak. A daganatképződés szimbóluma a bővülést, tágulást jelentő Jupiter, melynek másik fontos analógiája a beilleszkedés, elfogadás. A jóindulatú daganat egyfajta passzív ellenállás, kívül helyezkedés, míg a rosszindulatú daganat a lázadás, az aktív ellenállás. A Jupiter, bár terjeszkedik, de nem rosszindulatú, a rák hátterében inkább az Uránusz és a Neptunusz játszanak szerepet.